Полногеномное секвенирование изолятов гонококка

Подготовил Алексей Торгашев

Новизна работы в том, что ученые дополнили традиционные методы типирования штаммов гонококка (Neisseria gonorrhoeae) полногеномным секвенированием изолятов.

Исследование проводилось в рамках европейской «Программы контроля гонококковых инфекций, резистентных к противомикробным препаратам» (European Gonococcal Antimicrobial Surveillance Programme, EU-GASP, российский аналог — RU-GASP). Пробы отбирали в 20 странах в сентябре-ноябре 2013 года у пациентов, больных гонореей.

Целью ставилось изучение популяционной динамики Neisseria gonorrhoeae, распространенности различных типов резистентности, создание стандартизированной базы данных с полными геномами. В конечном счете, такие исследования должны привести к хорошему прогнозу изменений уровней резистентности в том или ином регионе, или в целом в мире.  

Результаты полногеномного секвенирования сравнили с результатами других методов типирования — мультилокусным секвенированием-типированием (multilocus sequence typing, MLST) и мультиантигенным типированием по методу NG-MAST (N. gonorrhoeae multi-antigen sequence typing).

Исследователи обнаружили, что среди исследованных образцов преобладала геногруппа G1407, к ней относилось большинство изолятов, устойчивых к цефалоспорину. Однако по сравнению с предыдущим замером 2009-10 годов, доля изолятов данной геногруппы снизилась с 23% до 17%. Кроме того эта же геногруппа ранее ассоциировалась с пациентами-мужчинами, практикующими секс с мужчинами. Сейчас соотношение сместилось в сторону гетеросексуальных пациентов.

По результатам работы создана база данных.

Источник

Simon R Harris et al. // Public health surveillance of multidrug-resistant clones of Neisseria gonorrhoeae in Europe: a genomic survey // The Lancet Infectious Diseases, Published 15 May 2018. DOI: 10.1016/S1473-3099(18)30225-1