Метагеномное секвенирование образцов пациентов, инфицированных Clostridium difficile, после трансплантации фекальной микробиоты

Бактерии с множественной лекарственной устойчивостью — серьезная проблема современной микробиологии, число таких инфекций в глобальном масштабе постоянно растет, а новые препараты запаздывают. Трансплантация фекальной микробиоты (fecal microbiota transplantation, FMT) — перспективный подход для элиминации устойчивых бактерий в кишечнике и профилактики новых инфекций. В частности, он дает хорошие результаты при рецидивирующей инфекции Clostridium difficile (CDI) у пациентов с диареей, вызванной приемом антибиотиков. Таким пациентам вводят в кишечный тракт препараты фекалий от здоровых доноров через назальную трубку, колоноскоп или в виде клизмы. В результате наблюдалось исчезновение клостридии, а также других резистентных бактерий. В частности, исчезали несколько типов оппортунистических организмов с множественной лекарственной устойчивостью — Enterobacteriaceae, продуцирующие β-лактамазы расширенного спектра (ESBL) и карбапенемазу, резистентные к ванкомицину энтерококки и устойчивый к метициллину Staphylococcus aureus.

Вскоре после этого FMT начали назначать пациентам с другой устойчивой флорой или для профилактики инфицирования. Появились данные о том, что после FMT флора кишечника реципиентов теряет гены резистентности. Группа канадских исследователей попыталась подтвердить эти результаты и получить ответ на другой важный вопрос: может ли флора кишечника реципиента получить гены устойчивости к противомикробным препаратам при FMT.

Авторы работы провели полное метагеномное секвенирование 8 пар донор — реципиент (у реципиентов, инфицированных устойчивой клостридией, брали образцы до FMT и еще шесть раз после). Тотальную микробную ДНК выделяли из 200 мг стула с использованием мини-набора QIAamp. Библиотеку готовили по протоколу Cold Spring Harbor для высокомультиплексного секвенирования. Полное секвенирование метагенома выполняли на платформе Illumina 2500 HiSeq. В результате идентифицировали 37 генов резистентности, которые приобрела флора реципиентов, и 95 генов, которые исчезли после FMT.

Таким образом, установлено, что гены устойчивости при FMT могут и приобретаться. Это наблюдение важно для отбора и скрининга здоровых доноров

Источник

Victor Leung et al. // Antimicrobial Resistance Gene Acquisition and Depletion Following Fecal Microbiota Transplantation for Recurrent Clostridium difficile Infection. // Clinical Infectious Diseases, Volume 66, Issue 3, 18 January 2018, Pages 456–457, DOI: 10.1093/cid/cix821