dreamstime.com
dreamstime.com
«Наши результаты демонстрируют многочисленные преимущества использования больших единых когорт, в которых лонгитюдные электронные медицинские карты с независимыми измерениями привязываются к геномным данным и формируют представление о генетической архитектуре, определяющей уровни липидов в плазме, для руководства будущими исследованиями и клинической помощью», — говорится в статье.
Исследователи из Калифорнийского университета (Сан-Франциско) и медицинского консорциума Kaiser Permanente провели GWAS для 94674 человек, участников масштабного геномного проекта Kaiser Permanente по изучению старения — Genetic Epidemiology Research on Adult Health and Aging (GERA). Каждую этническую группу анализировали отдельно, а затем в сочетании с другими, в метаанализе.
Выяснилось, что у афроамериканцев самый высокий уровень холестерина в составе ЛПВП и ЛПНП, но самый низкий уровень общего холестерина. У людей, происходящих из Южной Азии, был самый высокий уровень триглицеридов, у восточных азиатов — самый высокий уровень общего холестерина.
Исследователи обнаружили 171 локус (в том числе 46 ранее не известных), которые надежно ассоциировались по крайней мере с одним липидным признаком. Для каждого нового локуса тестировали связь с уровнями липидов у 94 595 людей европейского происхождения из международного проекта, исследующего генетические факторы, влияющие на содержание липидов в крови, — Global Lipids Genetics Consortium (GLGC), а также у 460 088 человек, чьи данные получили из Биобанка Великобритании (UK Biobank). Значимость подтвердилась для 17, а еще 14 имели номинальное значение.
В комбинированном метаанализе данных GERA и GLGC удалось найти еще 60 новых связанных с липидами локусов, 32 из которых подтвердились в когорте UK Biobank. Кроме того, в когорте GERA провели условные анализы (conditional analysis — инструмент для идентификации вторичных ассоциаций в локусе) и нашли 33 локуса с 74 условными вариантами, 15 из которых остались значимыми после проверок.
В целом авторы статьи сообщают о 121 новых липидных локусах. Они отметили, что для эффекта новых SNP существуют объяснения. Например, один из SNP, связанных с уровнями триглицеридов, оказался несинонимической заменой в гене SLCO1B1, который кодирует OATP1B1 — переносчик лекарств и лигандов в печень. Ранее сообщалось о его связи с вызванной статинами миопатией и с метаболитами крови.
Поскольку когорта была большой, был возможность учесть различия по родословной и полу. Так, около 64% SNP, ассоциированных с уровнем HDL или LDL-холестерина, имели более сильные последствия у женщин, как и 56% от всех SNP, связанных с холестерином.
Используя известные, новые и условные SNP, связанные с уровнями липидов, исследователи разработали шкалу генетических рисков, в которой учли и пол, и этническую принадлежность. Оценки генетического риска как по ЛПНП, так и по триглицеридам предсказали возраст, когда пациент начинает принимать препараты, снижающие уровень липидов (как правило, статины) — информация о начале приема таких препаратов фиксируется в карте.
«Эти данные подчеркивают ценность лонгитюдных электронных медицинских записей для выявления новых генетических признаков, ассоциированных с метаболизмом холестерина и липопротеинов с последствиями в виде медикаментозной коррекции уровня липидов и риска развития ишемической болезни сердца», — пишут авторы.
Источники
Thomas J. Hoffmann et al. // A large electronic-health-record-based genome-wide study of serum lipids. // Nature Genetics, 2018. DOI: 10.1038/s41588-018-0064-5
Combining Electronic Health Records, GWAS Data Uncovers Variants Linked to Blood Lipid Levels
Показать все 0 комментария