Платформа НИПТ может обнаруживать изменения числа копий в ДНК при онкогинекологических заболеваниях

Подготовила Елена Клещенко

Неинвазивное пренатальное тестирование (НИПТ) обнаруживает вариации числа копий (англ. copy number variation, CNV) с помощью анализа внеклеточной ДНК плода в крови матери. Исследователи из Медицинской школы Университета Шова (Япония) предположили, что платформы НИПТ могут служить для недорогого и неинвазивного онкологического скрининга, если с их помощью идентифицировать изменения числа копий в циркулирующей внеклеточной ДНК опухолевых клеток.

В исследовании участвовали 100 пациенток — 36 случаев рака яичников, 11 — рака шейки матки, 53 — рака эндометрия. Используя платформу НИПТ от GeneTech, авторы работы обнаружили CNA в 19 образцах плазмы крови из ста. Что предсказуемо, проще было выявить опухоли на поздних стадиях: общая частота положительных результатов для более поздних стадий составила 37%, для ранних 12%.

Исследователи, в частности, использовали метод SeqFF. Этот подход основан на различиях длины фрагментов внеклеточной ДНК матери и плода. В данном случае авторы работы рассчитывали на то, что циркулирующая в плазме опухолевая ДНК также отличается по длине.

Удалось показать, что вариации числа копий захватывают определенные гены. Так, во всех случаях рака яичников, где были выявлены такие вариации, за исключением одного, наблюдались потери количества копий BRCA1 или BRCA2. Также были затронуты гены в сигнальном пути PI3k/Akt. Кроме того, у пациентов с раком эндометрия наблюдались изменения, влияющие на онкогены MYC и CCNE1.

Пациентки, у которых были выявлены вариации числа копий во внеклеточной ДНК, имели худшие прогнозы, — следовательно, этот показатель может быть биомаркером, хотя авторы признают, что этот аспект нуждается в дополнительном изучении. Они также отметили, что размер выборки в их исследовании был небольшим и они не сравнили данные по ДНК плазмы и опухоли, чтобы подтвердить происхождение вариаций числа копий. Тем не менее они полагают, что тестирование, организованное по тому же принципу, что НИПТ, в конечном счете может быть использовано для неинвазивной диагностики рака, а также для мониторинга рецидива и ответа на терапию.

Источник

Makoto Nakabayashi et al. // Massively parallel sequencing of cell-free DNA in plasma for detecting gynaecological tumour-associated copy number alteration // Scientific Reports, 8, Article number: 11205 (2018)  DOI: 10.1038/s41598-018-29381-y