Секвенирование экзомов выявило новые гены, повышающие риск раков молочной железы и яичников

Подготовил Илья Скляр

К исследованию привлекли 11416 пациентов с клиническими признаками рака молочной железы, рака яичников или обоих видов рака, которые были направлены на генетическое тестирование из 1200 госпиталей в США в 2014—2015 гг. В качестве контролей проанализировали геномы 3988 пациентов, направленных по поводу неонкологических заболеваний, таких как редкие наследственные сердечно-сосудистые патологии или муковисцидоз. Ученые провели полноэкзомоное секвенирование, исследовали ассоциации ген-фенотип и провели исследование «случай — контроль», в качестве набора референсных контролей используя Genome Aggregation Database.

Исследователи провели поиск ассоциаций для 625 генов в 9639 случаев рака молочной железы и 2051 случая рака яичников. Ассоциации с повышенным риском рака молочной железы были подтверждены для четырех генов — ATM, CHEK2, MSH6, PALB2. Также найдены ассоциации гена MSH6 с синдромом Линча (наследственным колоректальным раком). Некоторые гены, ранее считавшиеся ассоциированными с повышенным риском рака молочной железы и яичника, наоборот, не подтвердили своего «статуса», в том числе PTEN, BARD1, NF1 и пр.

Для рака яичников были определены четыре гена, значительно повышающих риск, — RAD51C, TP53, MSH6 и ATM. Первые два были известны в этом качестве и ранее, но, к примеру, для ATM ассоциация с раком яичников надежно доказана до сих пор не была. Не подтвердилось существенное повышение риска для генов BRIP1, RAD51D, CDKN2A, MRE11A, RAD50 и NBN.

В обсуждении результатов авторы подчеркивают, что число и набор генов предрасположенности к наследственным ракам, по которым следует проводить тестирование, до сих пор не стандартизированы, четкая ассоциация с риском рака молочной железы и рака яичников получена лишь для небольшого набора генов, традиционно включаемых в наборы для анализа. Особенно слабо изучены гены умеренной пенетрантности, данные по ним противоречивы либо неполны.

Среди недостатков своей работы они назвали неполноту информации по историям болезни и возможную недооценку слабо изученных патогенных вариантов. Вместе с тем сопроводительный комментарий к статье отмечает среди достоинств исследования обширную выборку, анализ точных данных NGS, полученных для клинического использования и подтверждения подозрительных вариантов секвенированием по Сэнгеру.

Источник

Hsiao-Mei Lu et al. Association of Breast and Ovarian Cancers With Predisposition Genes Identified by Large-Scale Sequencing. JAMA Oncology August 16, 2018. DOI: 10.1001/jamaoncol.2018.2956